Nõukogu kavandab sihtasutuse tegevust ja korraldab selle juhtimist ning teostab järelevalvet sihtasutuse ja juhatuse tegevuse üle.

Sihtasutus Viljandi Haigla nõukogu on 5-liikmeline. Nõukogu liikme määrab ametisse ja kutsub tagasi, samuti määrab nõukogu liikmele makstava tasu suuruse sotsiaalminister. Nõukogu liikme tasu suuruse määramisel lähtutakse kehtivatest õigusaktidest.

Nõukogu esimees Liis Rooväli - Sotsiaalministeeriumi terviseinfo ja analüüsiosakonna juhataja

Nõukogu liige Peep Aru - Riigikogu liige

Nõukogu liige Kalle Küttis - Haridus- ja Teadusministeeriumi asekantsler

Nõukogu liige Reevo Maidla - Viljandi Linnavalitsuse majandusameti juhataja

Nõukogu liige Alar Karu - Tarvastu vallavanem