Nõukogu kavandab sihtasutuse tegevust ja korraldab selle juhtimist ning teostab järelevalvet sihtasutuse ja juhatuse tegevuse üle.

Sihtasutus Viljandi Haigla nõukogu on 5-liikmeline (praegu 4 liikmeline). Nõukogu liikme määrab ametisse ja kutsub tagasi, samuti määrab nõukogu liikmele makstava tasu suuruse sotsiaalminister. Nõukogu liikme tasu suuruse määramisel lähtutakse kehtivatest õigusaktidest.

Nõukogu esimees Agris Koppel - Ida-Tallinna Keskhaigla kvaliteedijuht

Nõukogu liige Siiri Tõniste - Rahandusministeeriumi kindlustuspoliitika osakonna juhataja

Nõukogu liige Tonio Tamra - Viljandi abilinnapea

Nõukogu liige Madis Timpson - Viljandi linnapea

Nõukogu liikme Helve Kansi volitused SA Viljandi Haigla nõukogus lõppesid 25. septembril 2022.