Nõukogu kavandab sihtasutuse tegevust ja korraldab selle juhtimist ning teostab järelevalvet sihtasutuse ja juhatuse tegevuse üle.
Nõukogu liikme määrab ametisse ja kutsub tagasi, samuti määrab nõukogu liikmele makstava tasu suuruse sotsiaalminister. Nõukogu liikme tasu suuruse määramisel lähtutakse kehtivatest õigusaktidest.

Sihtasutus Viljandi Haigla nõukogu on alates 1. novembrist 2023 4-liikmeline:

Nõukogu liige Maarjo Mändmaa - Sotsiaalministeeriumi kantsler

Nõukogu liige Siiri Tõniste - Rahandusministeeriumi kindlustuspoliitika osakonna juhataja

Nõukogu liige Tonio Tamra - Viljandi abilinnapea

Nõukogu liige Madis Timpson - Viljandi linnapea